Kansallispuisto perustetaan vain valtion alueille. Kansallispuistoon voidaan liittää muun julkisyhteisön alueita suostumuksen, käytännössä sopimuksen perusteella. Kansallispuistoon ei voi kuulua yksityisiä maa- tai vesialueita.

Selkämeren kansallispuistolla toteutetaan Natura 2000 -verkostoa. Kyse on siitä, miten nuo Natura-alueet toteutetaan. Valtion omistamista alueista, joita hallitsee Metsähallitus, voidaan joko perustaa ns. tavallinen luonnonsuojelualue tai kansallispuisto. 

Natura 2000 –verkoston kartat on julkaistu valtion ympäristöhallinnon internet-sivuilla. Tarkastelussa ovat Natura-alueista olleet mukana Oura, Pooskerin länsiosa, Gummandoora, Preiviikinlahden länsi-osa, Luvian saaristo ja Rauman saaristo. Seuraavassa linkit karttasivuille, joilla on kuvattu muutkin natura-alueet:  

Ehdotuksen mukaan kansallispuiston tavoiteraja poikkeaa muutamassa kohdin  em. Natura 2000 -alueiden ulkorajoista. Nämä erot ovat seuraavat:

• Natura-rajausten sisällä kansallispuisto voi koskea vain valtion alueita sekä sopimuksen mukaan kunnan omistamia alueita, kansallispuistoon eivät kuulu yksityiset maa- ja vesialueet.
• Merikarvialla pohjoisin alue on Ouran saaristo, Kasalanjokisuun Natura-aluetta ei ehdoteta mukaan.
• Merikarvian Pooskerin Natura-alueesta ehdotetaan mukaan vain läntisintä osaa yksityiselle alueelle perustetun luonnonsuojelualueen ulkopuolella.
• Gummandooran Natura-alueesta Porissa mukaan ehdotetaan läntisintä osaa, joka on lähes kokonaan valtion aluetta. Mm. Natura-alueen nimikkosaari Gummandoora jää kansallispuistorajauksen ulkopuolelle.
• Porin Preiviikinlahden Natura-alueesta ehdotetaan mukaan vain valtion omistamia Katavan saaren lähialueita
• Kansallispuistoalueeksi on tarjolla myös Räyhän saarien alue Porin ja Luvian rajalla. Valtio omistaa saariryhmän.
• Eurajoen Kaunissaarta ehdotetaan osaksi kansallispuistoa paitsi luonto- ja kulttuuriarvojensa myös hyvien retkeilymahdollisuuksiensa takia. Alueen omistavat Eurajoen kunta ja pieneltä osin valtio. Tämä edellyttää sopimusta kunnan ja valtion välillä.
• Raumalla kansallispuiston rajausehdotusta on ohjannut Natura-alueiden lisäksi kunnan oma yleiskaava. Mukana on Natura-alueiden lisäksi myös kansallispuiston ideaan kuuluvia retkeily- ja matkailualueita. Sataman lähialueet ja laivaväylät eivät kuulu ehdotettuun rajaukseen. 

Katso tavoiterajauskartta

• Kansallispuistoa ei voi olla yksityisellä maa- tai vesialueella. Yksityisiä ovat myös kylien ja tilojen yhteiset alueet.
• Rauman kaupungin omistamat, yksityisille henkilöille tai yhdistyksille vuokratut tontit kansallispuistoalueen sisällä eivät kuulu kansallispuistoon. Tällaisia ovat Louttujen, Kylmä-Santakarin ja Kuljunperän mökkitontit sekä useille kalastusseuroille vuokratut kalastusmajatontit.
• Kokonaan ulkopuolella ovat myös Rauman kaupungin vuokraamat ns. huvilatontit.
• Kuuskajaskarin osaa, joka on varattu rakentamiseen, ei sisällytetä kansallispuistoalueeseen.
• Yksityisestä vesialueesta muodostuneet vesijättöalueet eivät kuulu kansallispuistoalueeseen ellei niitä vesijätön lunastustoimituksessa liitetä vesijättöön rajoittuvaan tilaan. Kunnalle vesijätön lunastuksessa siirtyneiden vesijättöjen liittäminen kansallispuiston osaksi edellyttää sopimusta.
•  
•  
•  

...alueiden käytössä

• Alueella voidaan harjoittaa kalastusta kalastuslainsäädännön määrittämällä tavalla. Tässä suhteessa ei nykytilanteeseen ehdoteta muutosta.
• Ehdotuksen mukaan Selkämeren kansallispuistossa metsästys on mahdollista osana saariston kulttuuriperintöä ja luonnonsuojelullisin perustein. Kyse on myös hylkeen metsästämisestä. Alueen muiden käyttäjien turvallisuus on otettava huomioon. Metsästäminen edellyttää pelisääntöjen määrittämistä.
• Alueelta ei saa ottaa maa-aineksia eikä kaivoskivennäisiä.
• Alueella voidaan viljellä viljelykasveja perinneympäristöjen säilyttämiskeinona. 
• Alueella voidaan kunnostaa merenkulun turvalaitteita ja vesistön kulkuväyliä.
• Alueelle ei voi rakentaa tuulivoimaloita. Sen sijaan pienimuotoiset, kiinteistökohtaiset sekä merenkulun laitteiden edellyttämät tuuli- ja aurinkoenergialaitteistot ovat mahdollisia.  
• Alue on tarkoitettu luonto- ja kulttuurinähtävyyksien kokemiseen myös sukeltamalla. Toiminta ei saa aiheuttaa luontoarvojen tuhoutumista. Alueelle voidaan sijoittaa sukelluspuistoja ja -poijuja eri suunnitelman mukaan.  
• Marjastus ja sienestys kuuluvat kansallispuistovieraiden luonnonkäyttömuotoihin.
• Jokamiehen retkeilyä saaristossa pyritään lisäämään. Alueella rakennetaan retkeilyä palvelevia nuotio- ja laavupaikkoja, käymäläpisteitä ja reitistöjä. Alueella on myös ns. varaustupia oheisrakennelmineen. Rauman saariston vanhastaan retkeilysaarina käytetyt alueet ovat virkistysalueita, joissa luontoa tuhoamaton leiriytyminen ja nuotion pito on mahdollista. Näille saarilla retkeilijä joutuu itse huolehtimaan polttopuista.  
• Lintujen pesimäluodoille ja -riutoille ei pidä mennä pesimäaikaan. Nykyisessä käytännössä lintujen pesimäsaarien maihinnousukielto on koskenut yleensä aikaa huhtikuun puolesta välistä heinäkuun puoleen väliin.  
• Retkeilijä huolehtii ensisijaisesti itse tuottamiensa roskien poiskuljetuksesta. Jätteen keräilypisteitä on matkailupalvelupisteissä.
•  
•  
•  

sivun alkuun

Vyöhykemalli

Kansallispuiston käyttöä jäsennetään ns. vyöhykekuvausten avulla. Niiden avulla mm. suunnataan palveluja eri kohteisiin ja ohjataan suurten vierailijajoukkojen kulkemista. Vyöhykejako ohjeellisenakin antaa pitkäjänteisyyttä alueen kehittämiseen.